Følgende hold sad over i 1. runde:

Nord: Bradford City, Bury, Crewe Alexandra, Doncaster Rovers, Hartlepool United, Sheffield United, Shrewsbury Town og Walsall.

Syd: Barnet, Brentford, Cheltenham Town, Colchester United, Leyton Orient, Plymouth Argyle, Torquay United og Wycombe Wanderers.

Football League Trophy, 2012-13, kampe Grupper | Dato
1. runde, Nord < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 4. september 2012  
  (4) 0-2 (4) 1.049
  (3) 1-1 (3) 3.471
      [str.:1-3]      
  Preston North End videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-1 (3) 2.384
  (3) 0-0 (4) 5.437
      [str.:10-9]      
  Coventry City videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-0 (3) 2.702
  (4) 2-2 (4) 1.256
      [str.:4-2]      
  Rochdale videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-1 (4) 3.975
  (3) 1-2 (3) 725
 
1. runde, Syd < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 4. september 2012  
  (4) 0-3 (3) 2.810
  (3) 3-2 (4) 1.249
  (4) 3-2 (3) 981
  (4) 0-0 (4) 1.944
      [str.:3-4]      
  Aldershot Town videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 1-0 (3) 3.444
  (3) 2-2 (3) 5.979
      [str.:4-3]      
  Portsmouth videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-1 (4) 1.925
Onsdag 5. september 2012  
  (4) 1-0 (3) 7.746
 
2. runde, Nord < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 9. oktober 2012  
  (3) 1-0 (4) 4.030
  (3) 0-0 (4) 1.777
      [str.:2-3]      
  Bradford City videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-4 (3) 2.577
  (4) 1-1 (3) 2.826
      [str.:4-5]      
  Bury videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-2 (3) 2.063
  (3) 2-2 (4) 2.845
      [str.:5-6]      
  Port Vale videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-4 (3) 2.771
Onsdag 17. oktober 2012  
  (3) 1-4 (3) 2.082
 
2. runde, Syd < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 9. oktober 2012  
  (3) 1-0 (3) 2.739
  (4) 2-4 (4) 1.236
  (3) 1-0 (4) 1.404
  (4) 2-1 (3) 1.561
  (4) 2-1 (4) 2.580
  (3) 1-3 (4) 7.292
  (4) 2-0 (4) 2.965
Tirsdag 16. oktober 2012  
  (4) 2-2 (3) 1.280
      [str.:4-5]      
  Yeovil Town videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
3. runde, Nord < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 4. december 2012  
  (3) 1-1 (3) 10.162
      [str.:4-1]      
  Coventry City videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-1 (3) 1.892
      [str.:5-3]      
  Crewe Alexandra videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-2 (4) 2.789
Tirsdag 18. december 2012  
  (3) 3-3 (3) 2.023
      [str.:4-5]      
  Preston North End videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
3. runde, Syd < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 4. december 2012  
  (4) 1-1 (4) 2.383
      [str.:1-3]      
  Oxford United videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-1 (3) 3.052
  (3) 2-0 (4) 1.771
Onsdag 5. december 2012  
  (4) 0-3 (3) 1.752
 
Del-semifinaler, Nord < 2011-12 | 2013-14 >
Torsdag 10. januar 2013  
  (3) 3-2 (3) 12.665
Onsdag 20. februar 2013  
  (3) 4-1 (4) 2.935
 
Del-semifinaler, Syd < 2011-12 | 2013-14 >
Tirsdag 8. januar 2013  
  (3) 1-0 (3) 2.755
  (4) 3-3 (4) 2.882
      [str.:3-5]      
  Southend United videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
Del-finale, Nord < 2011-12 | 2013-14 >
  1. kamp  
Tirsdag 5. februar 2013  
20.45 (3) 0-3 (3) 31.054
 
  2. kamp  
Onsdag 20. februar 2013  
20.30 (3) 0-2 (3) 8.325
  Crewe Alexandra videre med 3-2 samlet.  
 
Del-finale, Syd < 2011-12 | 2013-14 >
  1. kamp  
Tirsdag 5. februar 2013  
20.45 (3) 0-1 (4) 5.359
 
  2. kamp  
Onsdag 20. februar 2013  
20.15 (4) 2-2 (3) 9.421
  Southend United videre med 3-2 samlet.  
 
Finale < 2011-12 | 2013-14 >
Søndag 7. april 2013  
14.15 (3) 2-0 (4) 43.842
  Vinder af Football League Trophy 2012-13: Crewe Alexandra (1. titel)