Følgende hold sad over i 1. runde:

Nord: Grimsby Town, Hartlepool United, Leeds United, Macclesfield Town, Notts County, Port Vale, Shrewsbury Town og Tranmere Rovers.

Syd: Aldershot Town, Brighton & Hove Albion, Charlton Athletic, Exeter City, Leyton Orient, Southampton, Southend United og Swindon Town.

Football League Trophy, 2009-10, kampe Grupper | Dato
1. runde, Nord < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 1. september 2009  
  (4) 1-5 (4) 1.493
  (4) 1-4 (3) 2.331
  (4) 1-0 (4) 828
  (4) 2-2 (3) 2.016
      [str.:2-4]      
  Carlisle United videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-2 (4) 1.619
  (4) 1-2 (4) 1.800
  (4) 1-2 (3) 2.246
  (3) 0-0 (4) 2.314
      [str.:4-5]      
  Bury videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
1. runde, Syd < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 1. september 2009  
  (4) 2-0 (3) 1.623
  (4) 2-1 (3) 2.655
  (4) 1-3 (4) 1.397
  (3) 1-1 (3) 1.725
      [str.:4-3]      
  Gillingham videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-0 (3) 970
      [str.:4-2]      
  Hereford United videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 3-1 (4) 4.413
  (3) 1-0 (3) 12.540
  (3) 2-2 (4) 1.035
      [str.:0-3]      
  Northampton Town videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
2. runde, Nord < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 6. oktober 2009  
  (4) 2-2 (4) 3.701
      [str.:3-2]      
  Bradford City videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-1 (3) 1.903
  (3) 4-2 (4) 1.753
  (4) 3-3 (3) 3.003
      [str.:4-2]      
  Chesterfield videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 0-2 (4) 1.675
  (3) 2-1 (4) 8.429
  (4) 3-1 (3) 3.154
Tirsdag 20. oktober 2009  
  (4) 2-0 (4) 819
 
2. runde, Syd < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 6. oktober 2009  
  (3) 4-1 (4) 4.522
  (3) 1-1 (3) 2.006
      [str.:3-4]      
  Swindon Town videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 0-1 (3) 2.814
  (4) 2-2 (4) 897
      [str.:4-3]      
  Hereford United videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-0 (3) 1.457
  (3) 2-0 (3) 4.792
  (4) 2-1 (4) 1.718
  (3) 2-2 (4) 9.319
      [str.:5-3]      
  Southampton videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
3. runde, Nord < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 10. november 2009  
  (4) 3-2 (4) 1.637
  (4) 2-2 (4) 5.096
      [str.:5-4]      
  Bradford City videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (4) 1-3 (3) 2.878
  (3) 3-1 (4) 10.430
 
3. runde, Syd < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 10. november 2009  
  (3) 1-1 (4) 1.282
      [str.:2-3]      
  Hereford United videre efter straffesparkskonkurrence.  
  (3) 3-1 (4) 8.886
  (3) 0-0 (3) 4.978
      [str.:3-5]      
  Norwich City videre efter straffesparkskonkurrence.  
Onsdag 11. november 2009  
  (3) 2-1 (3) 13.906
 
Del-semifinaler, Nord < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 15. december 2009  
  (3) 3-0 (4) 3.176
  (3) 2-0 (4) 12.696
 
Del-semifinaler, Syd < 2008-09 | 2010-11 >
Tirsdag 15. december 2009  
  (4) 1-4 (3) 1.367
  (3) 2-2 (3) 15.453
      [str.:6-5]      
  Southampton videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
Del-finale, Nord < 2008-09 | 2010-11 >
  1. kamp  
Tirsdag 19. januar 2010  
20.45 (3) 1-2 (3) 13.011
 
  2. kamp  
Tirsdag 9. februar 2010  
20.00 (3) 2-3 (3) 9.430
      [str.:6-5]      
  Carlisle United videre efter straffesparkskonkurrence.  
 
Del-finale, Syd < 2008-09 | 2010-11 >
  1. kamp  
Onsdag 20. januar 2010  
20.00 (3) 0-1 (3) 7.918
 
  2. kamp  
Tirsdag 9. februar 2010  
20.45 (3) 3-1 (3) 29.901
  Southampton videre med 4-1 samlet.  
 
Finale < 2008-09 | 2010-11 >
Søndag 28. marts 2010  
14.30 (3) 1-4 (3) 73.476
  Vinder af Football League Trophy 2009-10: Southampton (1. titel)