Følgende hold sad over i 1. runde:

Nord: Blackpool, Chester City, Chesterfield, Crewe Alexandra, Darlington, Mansfield Town, Oldham Athletic og Port Vale.

Syd: Bournemouth, Bristol City, Cheltenham Town, Leyton Orient, Millwall, Milton Keynes Dons, Peterborough United og Yeovil Town.

Football League Trophy, 2006-07, kampe Grupper | Dato
1. runde, Nord < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 17. oktober 2006  
  (4) 1-1 (3) 850
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:3-1]      
  Accrington Stanley videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-2 (3) 1.936
  (4) 0-2 (3) 1.093
  (4) 3-1 (3) 1.832
  (3) 1-2 (3) 3.629
  (4) 0-0 (4) 2.019
      [efs] [str.:3-5]      
  Grimsby Town videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-1 (4) 1.792
  (4) 1-1 (4) 1.209
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:3-5]      
  Rochdale videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
 
1. runde, Syd < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 17. oktober 2006  
  (3) 2-0 (4) 1.740
  (4) 1-0 (4) 2.672
  (3) 1-2 (3) 1.817
  (4) 1-2 (4) 2.007
  (3) 0-0 (3) 2.088
      [efs] [str.:2-4]      
  Brentford videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 0-1 (4) 1.291
  (4) 1-1 (3) 2.557
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:3-4]      
  Swansea City videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 1-0 (4) 1.583
 
2. runde, Nord < 2005-06 | 2007-08 >
Mandag 30. oktober 2006  
  (3) 0-0 (3) 3.421
      [efs] [str.:3-5]      
  Port Vale videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
Tirsdag 31. oktober 2006  
  (4) 4-4 (3) 1.344
      [efs, ord. tid: 4-4] [str.:4-2]      
  Accrington Stanley videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 3-0 (4) 1.229
  (4) 1-3 (3) 1.853
  (4) 3-0 (4) 1.761
  (4) 1-1 (3) 1.148
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:0-2]      
  Crewe Alexandra videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (3) 0-1 (4) 2.036
Onsdag 1. november 2006  
  (3) 0-1 (3) 2.118
 
2. runde, Syd < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 31. oktober 2006  
  (3) 3-2 (4) 964
  (3) 2-0 (3) 1.905
  (3) 2-1 (3) 2.031
  (4) 1-0 (3) 1.432
  (4) 2-1 (3) 1.759
  (4) 0-2 (4) 1.314
Onsdag 1. november 2006  
  (3) 4-1 (4) 2.774
  (3) 1-3 (3) 1.118
 
3. runde, Nord < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 28. november 2006  
  (4) 1-0 (4) 2.059
  (3) 2-0 (4) 3.209
Onsdag 29. november 2006  
  (3) 4-4 (4) 2.414
      [efs, ord. tid: 4-4] [str.:3-1]      
  Chesterfield videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (3) 2-3 (3) 4.694
 
3. runde, Syd < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 28. november 2006  
  (3) 2-3 (4) 1.379
  (3) 1-1 (3) 3.659
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:2-3]      
  Brighton & Hove Albion videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
Onsdag 29. november 2006  
  (4) 1-0 (4) 3.621
  (3) 2-2 (3) 4.107
      [efs, ord. tid: 2-2] [str.:2-4]      
  Bristol City videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
 
Del-semifinaler, Nord < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 9. januar 2007  
  (3) 2-0 (4) 8.009
Onsdag 10. januar 2007  
  (3) 2-4 (3) 3.414
 
Del-semifinaler, Syd < 2005-06 | 2007-08 >
Tirsdag 23. januar 2007  
  (3) 2-0 (3) 6.485
Tirsdag 30. januar 2007  
  (4) 0-1 (4) 3.199
 
Del-finale, Nord < 2005-06 | 2007-08 >
  1. kamp  
Tirsdag 30. januar 2007  
20.45 (3) 3-3 (3) 4.631
 
  2. kamp  
Mandag 12. februar 2007  
20.45 (3) 3-2 (3) 12.561
  Doncaster Rovers videre med 6-5 samlet.  
 
Del-finale, Syd < 2005-06 | 2007-08 >
  1. kamp  
Onsdag 21. februar 2007  
20.45 (3) 0-0 (4) 18.730
 
  2. kamp  
Tirsdag 27. februar 2007  
20.45 (4) 1-0 (3) 11.530
  Bristol Rovers videre med 1-0 samlet.  
 
Finale < 2005-06 | 2007-08 >
Søndag 1. april 2007  
14.00 (4) 2-3 (3) 59.024
      [efs, ord. tid: 2-2]      
  Vinder af Football League Trophy 2006-07: Doncaster Rovers (1. titel)