Dette var sidste sæson, at hold fra Football Conference deltog.

Nedrykkerne fra League Two 2004-05, Cambridge United og Kidderminster United samt Hereford United, Aldershot Town, Stevenage Borough, Exeter City, Morecambe, Woking, Halifax Town, Accrington Stanley, Dagenham & Redbridge og Crawley Town fra Football Conference 2004-05, blev inviteret.

Følgende hold sad over i 1. runde:

Nord: Oldham Athletic og Tranmere Rovers.

Syd: Northampton Town og Swindon Town.

Football League Trophy, 2005-06, kampe Grupper | Dato
1. runde, Nord < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 18. oktober 2005  
  (3) 2-5 (3) 4.095
  (3) 4-3 (4) 3.239
      [efs, ord. tid: 2-2]      
  (5) 3-0 (4) 1.224
  (4) 1-1 (5) 1.131
      [efs, ord. tid: 0-0] [str.:3-4]      
  Morecambe videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (5) 6-1 (4) 1.191
  (5) 2-1 (4) 696
  (4) 2-0 (3) 796
  (4) 0-1 (5) 1.393
  (3) 1-1 (4) 2.226
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:5-6]      
  Carlisle United videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 3-1 (4) 1.683
  (3) 3-3 (5) 1.888
      [efs, ord. tid: 2-2] [str.:3-2]      
  Rotherham United wvidere efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (3) 1-0 (3) 2.028
  (3) 2-1 (4) 3.210
Onsdag 19. oktober 2005  
  (4) 2-1 (3) 1.593
 
1. runde, Syd < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 18. oktober 2005  
  (4) 3-2 (3) 1.031
  (3) 4-1 (5) 2.657
  (3) 1-1 (4) 1.785
      [efs, ord. tid: 1-1] [str.:3-4]      
  Oxford United videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (3) 2-0 (5) 1.988
      [efs, ord. tid: 0-0]      
  (4) 2-0 (3) 958
  (3) 3-2 (5) 2.745
  (4) 5-2 (4) 2.041
  (4) 2-1 (4) 1.477
      [efs, ord. tid: 1-1]      
  (4) 1-0 (3) 1.300
  (4) 0-2 (4) 2.146
  (3) 2-0 (5) 1.771
  (4) 1-3 (3) 1.025
  (5) 3-2 (3) 3.127
  (4) 2-1 (5) 1.094
      [efs, ord. tid: 1-1]      
 
2. runde, Nord < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 22. november 2005  
  (5) 3-2 (3) 1.435
  (4) 2-1 (3) 2.987
  (5) 2-1 (3) 1.355
      [efs, ord. tid: 1-1]      
  (5) 0-1 (3) 1.649
  (3) 1-2 (4) 1.646
  (3) 3-2 (4) 2.867
Onsdag 23. november 2005  
  (4) 0-3 (5) 1.131
Tirsdag 13. december 2005  
  (5) 1-3 (3) 1.124
 
2. runde, Syd < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 22. november 2005  
  (4) 0-3 (3) 991
  (3) 2-2 (4) 2.111
      [efs, ord. tid: 2-2] [str.:1-3]      
  Wycombe Wanderers videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
  (4) 2-1 (3) 959
  (3) 4-0 (4) 5.321
  (3) 1-0 (3) 2.031
  (5) 1-2 (4) 1.159
  Afbrudt efter 50 minutter ved stilingen 1-2 pga. tåge.  
Onsdag 23. november 2005  
  (3) 3-2 (4) 1.719
      [efs, ord. tid: 2-2]      
  (4) 1-0 (4) 1.521
Mandag 28. november 2005  
  (5) 1-5 (4) 883
      [efs, ord. tid: 1-1]      
 
3. runde, Nord < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 13. december 2005  
  (4) 4-2 (5) 860
Tirsdag 20. december 2005  
  (5) 2-0 (3) 1.452
  (5) 2-1 (3) 1.276
  (3) 0-0 (4) 3.054
      [efs] [str.:10-11]      
  Carlisle United videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
 
3. runde, Syd < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 13. december 2005  
  (3) 3-1 (4) 5.474
      [efs, ord. tid: 0-0]      
Tirsdag 20. december 2005  
  (4) 2-1 (4) 1.825
  (3) 1-2 (3) 2.649
  (3) 3-2 (4) 2.571
 
Del-semifinaler, Nord < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 24. januar 2006  
  (4) 1-0 (5) 4.432
  (4) 2-0 (5) 1.315
 
Del-semifinaler, Syd < 2004-05 | 2006-07 >
Tirsdag 24. januar 2006  
  (4) 0-1 (3) 2.243
  (3) 2-2 (3) 6.670
      [efs, ord. tid: 2-2] [str.:6-5]      
  Swansea City videre efter forlænget spilletid og straffesparkskonkurrence.  
 
Del-finale, Nord < 2004-05 | 2006-07 >
  1. kamp  
Tirsdag 21. februar 2006  
20.45 (4) 2-1 (4) 5.706
 
  2. kamp  
Tirsdag 7. marts 2006  
20.45 (4) 3-2 (4) 3.598
      [efs, ord. tid: 2-1]      
  Carlisle United videre på udebanemål efter forlænget spilletid.  
 
Del-finale, Syd < 2004-05 | 2006-07 >
  1. kamp  
Tirsdag 7. marts 2006  
20.45 (3) 1-0 (3) 7.285
 
  2. kamp  
Tirsdag 14. marts 2006  
20.45 (3) 1-2 (3) 3.236
  Swansea City videre med 3-1 samlet.  
 
Finale < 2004-05 | 2006-07 >
Søndag 2. april 2006  
14.00 (4) 1-2 (3) 42.028
  Vinder af Football League Trophy 2005-06: Swansea City (2. titel)