Efter to sæsoner med play-off blev systemet lavet om. Det var stadig de tre bedste rækker, hvortil der skulles om en plads via play-off, men kun klubber fra rækken nedenfor skulle deltage.

Finalerne skulle nu afgøres over to kampe og ikke en eventuel tredje kamp (replay).

Football League 1988-89, slutstillingen
< 1987-88 | 1989-90 >
Division One K V U T Mf Mi Sc Pts  
1 38 22 10 6 73 36 +37 76  
2 38 22 10 6 65 28 +37 76  
3 38 17 13 8 64 43 +21 64  
4 38 17 11 10 48 45 +3 62  
5 38 17 7 14 40 38 +2 58  
6 38 15 12 11 60 46 +14 57  
7 38 14 13 11 47 42 +5 55  
8 38 14 12 12 50 45 +5 54  
9 38 14 11 13 43 37 +6 53  
10 38 14 11 13 47 52 -5 53  
11 38 13 12 13 45 35 +10 51  
12 38 14 9 15 50 46 +4 51  
13 38 10 15 13 52 66 -14 45  
14 38 10 12 16 44 58 -14 42  
15 38 10 12 16 34 51 -17 42  
16 38 10 11 17 42 52 -10 41  
17 38 9 13 16 45 56 -11 40  
18 38 9 12 17 44 61 -17 39  
19 38 10 8 20 37 62 -25 38  
20 38 7 10 21 32 63 -31 31  
     
  Nedrykning til Division Two 1989-90  

Liverpool vinder af FA Cup 1988-89.

Nottingham Forest vinder af Football League Cup 1988-89.

Alle engelske hold var dog i karantæne i UEFA's turneringer efter efter katastrofen på Heysel Stadion i 1985.

Football League 1988-89, slutstillingen
< 1987-88 | 1989-90 >
Division Two K V U T Mf Mi Sc Pts  
1 46 29 12 5 96 50 +46 99  
2 46 23 13 10 77 53 +24 82  
3 46 23 12 11 71 49 +22 81  
4 46 22 12 12 74 48 +26 78  
5 46 22 11 13 74 59 +15 77  
6 46 20 16 10 68 53 +15 76  
7 46 20 14 12 66 58 +8 74  
8 46 22 7 17 71 61 +10 73  
9 46 18 18 10 65 41 +24 72  
10 46 17 16 13 59 50 +9 67  
11 46 16 15 15 60 60 0 63  
12 46 18 8 20 53 62 -9 62  
13 46 15 14 17 57 72 -15 59  
14 46 13 17 16 52 59 -7 56  
15 46 13 16 17 56 63 -7 55  
16 46 11 21 14 75 72 +3 54  
17 46 14 12 20 62 70 -8 54  
18 46 14 12 20 55 66 -11 54  
19 46 14 9 23 57 66 -9 51  
20 46 13 12 21 53 62 -9 51  
21 46 11 14 21 52 68 -16 47  
22 46 8 18 20 40 67 -27 42  
23 46 8 11 27 31 76 -45 35  
24 46 5 16 25 41 80 -39 31  
     
  Oprykning til Division One 1989-90  
  Play-off om en plads i Division One 1989-90 (Vinder: Crystal Palace)  
  Nedrykning til Division Three 1989-90  
Football League 1988-89, slutstillingen
< 1987-88 | 1989-90 >
Division Three K V U T Mf Mi Sc Pts  
1 46 26 14 6 96 49 +47 92  
2 46 25 9 12 93 54 +39 84  
3 46 24 12 10 78 48 +30 84  
4 46 22 9 15 69 67 +2 75  
5 46 19 17 10 67 51 +16 74  
6 46 19 15 12 79 60 +19 72  
7 46 18 14 14 66 61 +5 68  
8 46 19 11 16 64 61 +3 68  
9 46 18 13 15 64 54 +10 67  
10 46 16 16 14 58 54 +4 64  
11 46 18 9 19 53 55 -2 63  
12 46 15 16 15 51 53 -2 61  
13 46 16 13 17 55 67 -12 61  
14 46 17 9 20 63 73 -10 60  
15 46 14 17 15 48 52 -4 59  
16 46 14 15 17 44 56 -12 57  
17 46 14 14 18 55 53 +2 56  
18 46 15 11 20 68 72 -4 56  
19 46 14 13 19 56 59 -3 55  
20 46 16 6 24 66 76 -10 54  
21 46 13 15 18 56 75 -19 54  
22 46 14 7 25 51 86 -35 49  
23 46 12 4 30 47 81 -34 40  
24 46 8 13 25 48 78 -30 37  
     
  Oprykning til Division Two 1989-90  
  Play-off om en plads i Division Two 1989-90 (Vinder: Port Vale)  
  Kvalificeret til UEFA Cup Winners' Cup 1989-90  
  Nedrykning til Division Four 1989-90  

Swansea City kvalificeret som vinder af Welsh Cup 1988-89.

Football League 1988-89, slutstillingen
< 1987-88 | 1989-90 >
Division Four K V U T Mf Mi Sc Pts  
1 46 22 16 8 76 35 +41 82  
2 46 21 17 8 62 43 +19 80  
3 46 21 15 10 67 48 +19 78  
4 46 21 14 11 77 57 +20 77  
5 46 21 14 11 67 52 +15 77  
6 46 21 12 13 86 50 +36 75  
7 46 19 14 13 77 63 +14 71  
8 46 18 14 14 71 62 +9 68  
9 46 17 15 14 65 59 +6 66  
10 46 18 10 18 64 60 +4 64  
11 46 17 13 16 62 63 -1 64  
12 46 15 15 16 53 52 +1 60  
13 46 18 6 22 65 68 -3 60  
14 46 17 8 21 45 60 -15 59  
15 46 14 16 16 66 72 -6 58  
16 46 14 13 19 52 61 -9 55  
17 46 14 12 20 52 74 -22 54  
18 46 13 14 19 56 82 -26 53  
19 46 14 10 22 50 78 -28 52  
20 46 10 21 15 54 52 +2 51  
21 46 13 11 22 69 75 -6 50  
22 46 12 14 20 60 78 -18 50  
23 46 13 10 23 49 78 -29 49  
24 46 8 18 20 53 76 -23 42  
     
  Oprykning til Division Three 1989-90  
  Play-off om en plads i Division Three 1989-90 (Vinder: Leyton Orient)  
  Nedrykning til Football Conference 1989-90