De tidligere "testmatches", som afgjorde op- og nedrykning mellem Division One og Division Two, blev afskaffet.

I stedet blev direkte op- og nedrykning mellem de to rækker indført.

[Kilde: Rothmans Book of Football League Records 1888-89 to 1978-1979]

Football League 1898-99, slutstillingen
< 1897-98 | 1899-00 >
Division One K V U T Mf Mi Kv Pts  
1 34 19 7 8 76 40 1,900 45  
2 34 19 5 10 49 33 1,485 43  
3 34 15 9 10 45 47 0,957 39  
4 34 15 8 11 48 41 1,171 38  
5 34 12 13 9 47 51 0,922 37  
6 34 14 8 12 60 52 1,154 36  
7 34 15 6 13 41 41 1,000 36  
8 34 14 7 13 54 48 1,125 35  
9 34 12 11 11 62 57 1,088 35  
10 34 14 7 13 48 49 0,980 35  
11 34 11 11 12 42 42 1,000 33  
12 34 13 7 14 47 52 0,904 33  
13 34 11 8 15 49 48 1,021 30  
14 34 12 6 16 42 57 0,737 30  
15 34 10 9 15 44 47 0,936 29  
16 34 9 11 14 45 51 0,882 29  
17 34 9 7 18 37 51 0,726 25  
18 34 8 8 18 32 61 0,525 24  
     
  Nedrykning til Division Two 1899-00  
Football League 1898-99, slutstillingen
< 1897-98 | 1899-00 >
Division Two K V U T Mf Mi Kv Pts  
1 34 23 6 5 92 35 2,629 52  
2 34 20 6 8 76 38 2,000 46  
3 34 18 9 7 64 42 1,524 45  
4 34 19 5 10 67 43 1,558 43  
5 34 18 7 9 71 52 1,365 43  
6 34 15 12 7 79 36 2,194 42  
7 34 18 5 11 72 41 1,756 41  
8 34 17 7 10 85 50 1,700 41  
9 34 17 5 12 56 34 1,647 39  
10 34 15 5 14 71 60 1,183 35  
11 34 12 7 15 52 56 0,929 31  
12 34 12 7 15 51 56 0,911 31  
13 34 10 8 16 51 70 0,729 28  
14 34 10 5 19 56 72 0,778 25  
15 34 10 3 21 51 95 0,537 23  
16 34 8 4 22 49 90 0,544 20  
17 34 6 6 22 38 92 0,413 18  
18 34 2 5 27 22 141 0,156 9  
     
  Oprykning til Division One 1899-00  
  Genvalgt  
  Ikke genvalgt  

Chesterfield og Middlesbrough valgt i stedet for Blackpool og Darwen.

[Kilde: Rothmans Book of Football League Records 1888-89 to 1978-79]