Efter to sæsoner med play-off blev systemet lavet om. Det var stadig de tre bedste rækker, hvortil der skulles om en plads via play-off, men kun klubber fra rækken nedenfor skulle deltage.

Finalerne skulle nu afgøres over to kampe og ikke en eventuel tredje kamp (replay).

Football League, Division Three play-off, 1988-89, kampe
< 1987-88 | 1989-90 >
Semifinaler
Søndag 21. maj 1989
16.00 1-0 9.029
Mandag 22. maj 1989
20.45 1-1 14.321
  Port Vale kvalificeret til finalen med 4-2 samlet.  
Torsdag 25. maj 1989
20.30 0-4 10.188
  Bristol Rovers kvalificeret til finalen med 5-0 samlet.  
20.30 3-1 13.416
Finale
Onsdag 31. maj 1989
21.00 1-1 9.042
Lørdag 3. juni 1989
16.00 1-0 17.353
  Port Vale kvalificeret til Division Two 1989-90 med 2-1 samlet.

Bristol Rovers kvalificeret til Division Three 1989-90.