Efter to sæsoner med play-off blev systemet lavet om. Det var stadig de tre bedste rækker, hvortil der skulles om en plads via play-off, men kun klubber fra rækken nedenfor skulle deltage.

Finalerne skulle nu afgøres over to kampe og ikke en eventuel tredje kamp (replay).

Football League, Division Two play-off, 1988-89, kampe
< 1987-88 | 1989-90 >
Semifinaler
Søndag 21. maj 1989
16.00 0-0 14.028
16.00 1-0 16.658
Onsdag 24. maj 1989
20.45 1-1 13.852
      [efs, ord. tid: 0-0]      
  Watford 1-1 Blackburn Rovers samlet. Blackburn Rovers kvalificeret til finalen på reglen om flest mål scoret på udebane.  
21.00 2-0 23.677
  Crystal Palace kvalificeret til finalen med 2-1 samlet.  
Finale
Onsdag 31. maj 1989
20.45 3-1 16.421
Lørdag 3. juni 1989
16.00 3-0 30.000
      [efs, ord. tid: 2-0]      
  Crystal Palace kvalificeret til Division One 1989-90 med 4-3 samlet.

Blackburn Rovers kvalificeret til Division Two 1989-90.